Pero ang paniniwala rin ay bago lang ang Baybayin sa mga katutubo. Ang lenggwahe ng mga katutubong Pilipino ay pinaniniwalaang nanggaling sa Borneo (o malapit doon). Karaniwan itong katangian sa wikang Burgis na mula sa Sulawesi (Morrow 2010). Ang pangunahing dahilan ay mula sa orihinal na Baybayin, kung saan walang paraan upang ipakita ang pantig na walang patinig (Ito ay kadalasang nangyayari sa dulo ng salitang tagalog). Iba-iba ang mga dahilan kung papaano nabuo ang mga teoryang ito. May ilang mga teorya ang nagsasabing nagmula daw ang Baybayin sa Cham (Vietnam at Cambodia), iskriptong Malay, at sinaunang Assamese sa Bengal (Morrow 2010). Ang pinakatanyag na teorya ay nagsasabi na nagmula raw ang Baybayin sa isang iskriptong nawala sa Sulawesi na nasa silangang bahagi ng Borneo (Morrow 2010). Gayunpaman, hindi pa rin sigurado ang mga tao kung saan talaga ito nagmula (Morrow 2010). Sinasabi ng marami na ay Baybayin raw ay mula sa eskriptong Brahmi na nagmula pa sa sinaunang India. Maraming mga teorya ang tungkol sa pinagmulan ng iskriptong Baybayin. Walang puwang o bantas ang baybayin, maliban nalang sa dalawang linya ( || ), kunf saan pwedeng gamitin ang kuwit, tuldok, at paghinto para ihambing ang dalawang salita na pwedeng kapareho ng ibang mga salita (Morrow 2010).

Sinusulat ang Baybayin sa kaliwa hanggang kanan, at saka sa tuktok hanggang sa ilalim. Mayroon ding patinig na nag-iisa, nilalagay ang mga ito sa harapan ng salita o pantig. Sa itaas ng titik, inilalagay ang “e o i” ( pwedeng ke o ki), at saka sa baba ng titik nakalagay ang “o o u” ( pwedeng ko o ku) (Morrow 2010). Mayroong dalawang patinig sa bawat isang posisyon sa kudlit. Pwedeng idagdag ang kudlit sa itaas o sa ibaba ng isang titik. Bawat isang titik ay may A sa patinig, pero pwedeng baguhin ang patinig sa pagdadagdag ng isang tanda na tinatawag na ” kudlit” (Morrow 2010). Halimbawa, ginawa ang ”ka” ng, hindi lang k o a. Ang ibig sabihin nito ay mayroong isang katinig at isang patinig sa bawat isang titik sa iskrip. Ang ibig sabihin ng “Baybayin” ay isang coastline sa dagat o alpabeto, galing ito sa salitang ugat na “baybay” o “to trace.” Hindi alpabeto ang Baybayin, pero kagaya ng ibang iskrip sa timog-silangang asya, Abugida ang Baybayin (“Tagalog” n.d.).

Sino ang bumuo ng abakada